南濱抽水站

位於南濱出海口，為全市雨水污水排入海洋之出口，民國71年，前省住都局規劃設置3CMS抽水機6部，總抽水量18CMS，民國88年更新4部機組及閘門，並於民國110年8月啟用中央補助設置6CMS抽水機5部,總抽水量30CMS，合計總抽水量48CMS。
南濱抽水站集流範圍及面積：
1.    自由排水分區：面積138公頃，集水範圍包含自由街、林森路、建國路、中山路、民國路等排水幹線。
2.    和平排水分區：面積111公頃，集水範圍包含和平路以西、中正路等排水幹線。
3.    中原排水分區：面積49公頃，集水範圍包含中原路以西地區、德安地區、福建街等排水幹線。

明禮抽水站

位於民國路與明禮路口處，緊臨美崙溪堤防，站內設有抽水機組3部，每部抽水量為4CMS，共計12 CMS，並配設粗撈污機1座、細撈污機3座、電動閘門2座、電氣、消防、儀控設備等。
排水幹線以中山路為主，沿線蒐集建國路、明禮路、林森路、進豐街之雨水排入美崙溪。

萬壽抽水站

   花蓮市萬壽溪集水面積約412公頃，早期為連續堤防，其溪水不受美崙溪水位影響，可以重力流方式排入，因嘉禾段市地重劃改建為暗渠，並降低渠道高程。86年安伯颱風豪雨，美崙溪水位暴漲，溪水倒灌入萬壽溪暗渠，造成嚴重積水。88年於萬壽排水幹線與美崙溪匯流處興建抽水站。
   本站設置4部抽水機組，每部抽水量為5CMS，總抽水量為20CMS，並配置電動耙污機及攔污柵4座、電動閘門2座、電氣、消防、儀控設備等。

國盛抽水站

設有4部抽水機組，每部抽水量為4CMS，共計16 CMS，並配設粗撈污機1座、細撈污機4座、電動閘門8座、手動閘門1座、電氣、消防、儀控設備等。
   本抽水站集流範圍及面積：包含慈濟醫學院附進地區、花蓮火車站前後地區，計106公頃。
國盛抽水站主要設備、系統操作程序與明禮抽水站系統相同，均於83.02.03完工啟用。

三仙抽水站

設有4部螺旋式抽水機組，每部抽水量為4CMS，共計16 CMS，並配設電動閘門1座、電氣、消防、儀控設備等。
螺旋式抽水機係具有高效率、構造簡單、操作可靠之現代化最新穎機組，其週邊設施並能處理較大型漂流物，以避免阻礙抽水。
三仙溪為舊有之農業灌溉水道，上於國興一街與國興八街口與豐村排水相接，於國勝七街、八街交會處匯入美崙溪。
三仙溪收集豐村排水道、國強排水道，集水面積約353公頃。
螺旋式抽水機主要組件：
1.柴油引擎      2.液壓離合器      3.V-皮帶輪   
4.齒輪減速器.    5.螺絲主機體      6.橈性聯軸器
7.軸承           8.軸承潤滑系統
9.燃油供應系統

中正抽水站

位於中正路616巷、622巷後面，該區地勢低窪、無排水幹線，為有效解決淹水問題，設置沉水式0.45 CMS抽水機2部，共計抽水量0.9CMS。

菁華簡易抽水設備

菁華街35巷地勢低窪，興建簡易抽水設備，設有蓄水池1座、10馬力沉水式馬達4組、如遇豪雨並調派6吋移動式抽水機配置該處以加強抽水量。

福興抽水站

為因應無名溪遇颱風豪雨宣洩不及，導致沿岸積水，將南濱抽水站汰舊堪用之2部3CMS抽水機移置本站設置福興抽水站。